蛋白质组学中的LC-MS/MS分析（液相色谱-串联质谱）广泛应用于蛋白质鉴定、修饰研究和定量分析。然而，在C端测序（C-terminal sequencing）过程中，许多研究人员可能会在实验设计、数据采集和数据分析等方面犯下一些常见错误，影响最终的研究质量和结论的可靠性。本文将总结LC-MS/MS分析中C端测序的八大常见错误，并探讨如何避免这些问题，以获得更准确的蛋白质组学数据。

一、样本处理阶段的常见误区

❌ 错误1：样本制备不充分

在C端测序中，样本纯度对后续酶解和质谱分析影响尤为显著。高盐、去污剂、宿主蛋白等杂质会干扰离子化效率、降低信噪比。

✅建议：

* 采用超滤、凝胶过滤等方式去除杂质；

• 控制蛋白浓度；
• 样本-80℃保存，避免反复冻融，防止蛋白降解或C端修饰丢失。

二、酶解策略中的技术盲区

❌ 错误2：仅依赖胰蛋白酶进行酶解

胰蛋白酶对C端肽段识别有限，容易错过重要信息。

✅建议：

* 联合使用 Glu-C、Asp-N、Lys-C 等不同特异性酶；

• 尝试蛋白酶K等非特异性酶提高覆盖；
• 优化酶解时间、pH、温度和E:S比，避免过度或不完全酶解。

三、质谱设置中的“隐性失误”

❌ 错误3：质谱仪参数未优化

碎裂模式、质量分辨率、碰撞能量（NCE）若未根据样本类型进行调整，极易造成C端信号丢失。

✅建议：

• HCD 可增强 y 离子，有利于C端序列判断； 合理设置质量窗口和NCE，建议通过预实验调优。

四、液相分离的不当设置

❌ 错误4：色谱保留时间不合理

C端肽段的理化特性与普通肽段可能不同，若分离不充分或过早洗脱，容易信号弱、重叠多。

✅建议：

* 使用 UHPLC 提升分辨率；

• 优化流动相有机比例和pH值；
• 选择适合的色谱柱（如C18、C8）匹配C端疏水/亲水特性。

五、数据分析流程中的配置问题

❌ 错误5：数据库搜索参数设置不当

使用默认参数，往往会忽视C端非特异性酶解和常见修饰，错失关键序列。

✅建议：

* 设置“允许非特异性酶切”；

• 添加如C端乙酰化、酰胺化、磷酸化等可变修饰；
• 控制 FDR ≤ 1%，确保识别可信度。

六、结果筛选标准不科学

❌ 错误6：过滤策略过松或过严

过严的过滤（如FDR过低）可能过滤掉真实肽段，过松则增加假阳性。

✅建议：

* 综合考虑匹配分数、肽段覆盖率、修饰位置等参数；

• 使用多指标评分策略提升筛选精度。

七、C端修饰被忽视

❌ 错误7：未考虑C端翻译后修饰

酰化、泛素化、糖基化等C端修饰可能显著改变碎裂行为，导致分析失败。

✅建议：

* 根据目标蛋白特点，在数据库设置中加入相应修饰；

• 必要时结合 PRM 靶向验证补充确认。

八、验证手段缺失

❌ 错误8：结果未多重验证

仅凭一次测序结果作结论，可能导致误判。

✅建议：

* 采用不同酶解策略重复验证；

• 合成肽段验证；
• 融合突变体验证关键C端序列。

C端测序LC-MS/MS分析技术的精准实施，需要研究者深刻理解其与常规蛋白质组学分析的范式差异。从样品制备到数据分析的全流程优化，本质上是对蛋白质羧基化学特性的深度适配。百泰派克生物科技提供专业的蛋白质N/C端测序服务，可解决您的项目问题，加速您的研究项目，为您带来优质的服务体验。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目